Als Beamtensohn geboren, verbringt Michael Krüger seine Kindheit in Berlin, macht dort 1961 sein Abitur und absolviert eine Lehre als Verlagsbuchhändler beim Herbig-Verlag und als Buchdrucker. Nebenbei besucht er Veranstaltungen der Philosophischen Fakultät an der Freien Universität Berlin. Von 1963 bis 1965 arbeitet er als Buchhändler in London. Danach nimmt er seine Tätigkeit als Literaturkritiker auf und wird 1968 als Verlagslektor von Hanser in München eingestellt, dessen Leitung er 1986 übernimmt. Zu den Autoren, die er gewinnt, zählen u.a. Umberto Eco, Henning Mankell, Per Olof Enquist oder der Literaturnobelpreisträger Orhan Pamuk.

Mit Klaus Wagenbach gibt Krüger seit 1968 das Jahrbuch für Literatur Tintenfisch heraus, seit 1981 ist er Alleinherausgeber der Zeitschrift Akzente. Daneben ediert er Anthologien, schreibt Kritiken, übersetzt und verfasst Vor- bzw. Nachworte zu verschiedenen Sammelbänden. Seine ersten Gedichte veröffentlicht Krüger 1972 – vier Jahre später, 1976, erscheint sein erster Lyrikband Reginapoly.

Die folgenden Gedichtbände lassen sich als Versuch begreifen, ein „subversives ABC“ mit Hilfe von Reflexion und Lektüre zu erlernen: Diderots Katze (1978) entfaltet bereits im Titelgedicht die Dialektik von Wahrnehmung und Interpretation, Aus der Ebene (1982) entwickelt eine Poetik des Mangels, während Die Dronte, wofür Krüger 1986 den Peter-Huchel-Preis erhält, das Eingedenken als die eigentliche poetische Wahrnehmung praktiziert.

1984 debütiert Krüger als Erzähler mit Was tun? Eine altmodische Geschichte. Darin entwirft er das Bild eines orientierungslosen Intellektuellen, der vom Gefühl persönlicher Nichtigkeit durchdrungen wird. Auch der Chinareisende in der Erzählung Warum Peking? Eine chinesische Geschichte (1986) repräsentiert eine solche Figur. In der Novelle Das Ende des Romans (1990) wird dieses Prinzip ad absurdum geführt: ein Schriftsteller beschließt, seinen Romanhelden am Ende des Buches sterben zu lassen, und vernichtet Seite für Seite sein auf 800 Seiten angelegtes Werk, während sein Scheitern zugleich neuen Stoff zum Erzählen liefert.

Neben Erzählungen, Gedichten und Übersetzungen schreibt Krüger auch Romane. 1991 erscheint sein erster, Der Mann im Turm, 1993 sein zweiter, Himmelfarb, 2000 Die Cellospielerin und 2005 der Roman Turiner Komödie. Bericht eines Nachlassverwalters. Letzterer ist zugleich eine bissige Satire auf den Literaturbetrieb und wirft die Frage nach dem Sinn belletristischen Schaffens auf.

Wegen seines unermüdlichen Eintretens für die zeitgenössische Literatur wird Michael Krüger im Oktober 2000 mit dem Ehrenpreis der Stadt München ausgezeichnet. Davor hat er eine Vielzahl anderer Preise erhalten: 1974 den Förderpreis Literatur der Stadt München, 1978 den Literaturpreis der deutschen Wirtschaft, 1982 den Bayerischen Förderpreis für Literatur und ein Stipendium der Villa Massimo, 1983 den Tukan-Preis, 1986 den Peter-Huchel-Preis, 1990 den Schwabinger Kunstpreis, 1991 die Wilhelm-Hausenstein-Medaille, 1994 den Ernst-Meister-Preis, 1996 den Prix Médicis Etranger.

Für sein Gesamtwerk erhält er 2004 den Großen Literaturpreis der Bayerischen Akademie der Schönen Künste, 2006 den Mörike-Preis der Stadt Fellbach. Zudem wird ihm von den Universitäten Bielefeld und Tübingen die Ehrendoktorwürde zugesprochen. Den höchstdotierten deutschen Literaturpreis, den Joseph-Breitbach-Preis, bekommt Krüger 2010. 2017 gesellt sich noch ein weiterer Preis hinzu, der Eichendorff-Literaturpreis des Wangener Kreises (Gesellschaft für Literatur und Kunst des Ostens e.V. mit der Stadt Wangen und der Stiftung Kulturwerk Schlesien, Würzburg).

Am 27. Juni 2013 wählen die Mitglieder der Bayerischen Akademie der Schönen Künste in ihrer Jahresversammlung Michael Krüger als neuen Präsidenten. Seine Amtszeit beginnt (als Nachfolger von Dieter Borchmeyer) am 4. Juli 2013.