Magnus Jocham wächst in Rieder bei Immenstadt in einem tief religiösen Elternhaus auf. Er ist das zweite von insgesamt acht Kindern des Bauern Joseph Jocham und seiner Frau Maria Agathe, geb. Kofler. Einen prägenden Einfluss übt der strenge, namensgleiche Großvater auf ihn aus. Bereits mit zweieinhalb Jahren wird Magnus Jocham gefirmt, er besucht vorzeitig zusammen mit seiner älteren Schwester Barbara die Volksschule in Bühl. Gefördert durch den Immenstädter Stadtpfarrer kann Magnus Jocham ab 1821 auf die Königliche Studien­anstalt in Kempten wechseln. Gute Noten und das Überspringen einer Klasse stärken sein Selbstbewusstsein. Hier kommt Jocham mit den Ideen der Aufklärung und rationalistischen Einflüssen in Kontakt. Am 24. August 1927 erhält der talentierte Schüler sein Reifezeugnis, am gleichen Tag stirbt seine Mutter nach langer Krankheit an Schwindsucht. In seinen Memoiren schreibt er später, dass Krankheit und Tod der Mutter eine Rückbesinnung auf die im Elternhaus vermittelten Grundwerte bei ihm auslösten und er nie mehr in Gefahr war, „die guten Mutterpfennige gegen das falsche Flittergold wissenschaftlichen Hochmuts zu vertauschen“.

Magnus Jocham studiert Theologie und Philosophie an der Universität München. Über einen religiösen Abendzirkel steht er in Kontakt mit dem Münchner Kreis der Allgäuer Erweckungs­bewegung, was ihn dem Augsburger Ordinariat verdächtig macht. 1831 wird er im Augsburger Dom zum Priester geweiht und am 7. November 1831 feiert er Primiz in Immenstadt. Er ist zunächst als Kaplan in Altdorf bei Kaufbeuren und Ebenhofen. Ab 1933 übernimmt Jocham die Pfarrei in Hinterstein bei Hindelang, wo er neben Seelsorge und Schulunterricht Privatstunden erteilt und Psalme aus dem Hebräischen übersetzt. Dort erkrankt Jocham schwer an Lungenentzündung. Das Bewusstsein des nahen Todes führt im Folgenden bei Jocham zu einer ausgeprägten aszetischen Haltung. Aus der Hintersteiner Zeit stammen seine Übersetzungen von Schriften des Benediktiner­abts Blosius (Louis de Blois), die mehrere Auflagen erleben. 1835 wird Jocham Pfarrer in Franken­hofen bei Kaufbeuren; ab 1838 wirkt er in Pfronten, wo er literarisch sehr produktiv ist. Im November 1841 wird Jocham die Professur für Moraltheologie am Erzbischöflichen Lyceum in Freising, einer staat­lichen, philosophisch-theologischen Hochschule zur Heranbildung des Klerus, übertragen, die er bis zum Eintritt in den Ruhestand 1878 versieht. Nach dem Wechsel von Franz Michael Permaneder an die LMU München vertritt Jocham von 1847 bis 1849 zwei Jahre lang auch die Kirchengeschichte in Freising, er vertieft seine Kenntnisse der spanischen Sprache und übersetzt Autoren der spanischen Erbauungsliteratur. Ab 1860 führt er den Titel eines Erzbischöflichen Geistlichen Rats.

Jocham ist zeitlebens schriftstellerisch sehr aktiv. Ungefähr fünfzig, teilweise mehrbändige Werke zeugen ebenso davon wie seine wissenschaftlichen Abhandlungen, Übersetzungen, Aufsätze, Rezensionen, Arbeiten zur Förderung der Volksfrömmigkeit und religiöse Belletristik. Einen großen Anteil an Jochams Schriften bilden zudem biographische Arbeiten, die er meist über befreundete Geistliche schreibt, sowie kleinere Nekrologe. Ein ausführliches Werkverzeichnis bietet Zinkl (1950). Als theologisches Hauptwerk gilt seine Moral­theologie oder die Lehre vom christlichen Leben nach den Grundsätzen der katholischen Kirche, die 1852/54 in drei Bänden erscheint und ihm den Titel Doktor der Theologie einbringt. Daneben macht er sich mit dem 1861/1862 erschienenen, zwei­bändigen hagio­graphischen Handbuch Bavaria Sancta einen Namen, in dem die Heiligen und Seligen Bayerns unter Einschluss Frankens und der Rheinpfalz dargestellt werden. Diesem Werk liegt Matthäus Raders Bavaria sancta et pia (veröffentlicht 1615-28) zugrunde, übersetzt durch den Augsburger Jesuiten Maximilian Rassler (1645-1719).

Unter dem Pseudonym Johannes Clericus veröffentlicht Jocham Schildereien aus altfränkischen Häusern, Schildereien aus dem Pfarrerleben von Johannes Clericus und die Schildereien aus dem Tagebuch des Johannes Clericus. Seine letzte Arbeit ist seine Autobiographie Memoiren eines Obskuranten, die mit Aufzeichnungen aus dem Jahr 1883 endet und drei Jahre nach seinem Tod 1896 durch den Prior des Klosters Andechs P. Magnus Sattler im Kösel Verlag Kempten herausgegeben wird. Die Biographie vermittelt nicht nur einen Eindruck vom Selbstverständnis des Theologen Magnus Jocham, sondern gibt auch einen guten Einblick in das religiöse Leben in Bayern und insbesondere in Schwaben im 19. Jahrhundert.