Johann Jakob Balde wird als Sohn eines Kammersekretärs geboren und besucht das Jesuitengymnasium seiner vorderösterreichischen Vaterstadt Ensisheim; an Schulen in Belfort und Molsheim wird er im Geist der katholischen Gegenreformation erzogen. Vor den hereinbrechenden Truppen Mansfelds flüchtend, beginnt er ab 1623 ein Jurastudium in Ingolstadt, bricht dieses aufgrund eines Schlüsselerlebnisses jedoch ab: Da seine einer schönen Bäckerstochter dargebrachte Serenade ohne Wirkung bleibt, entsagt er der Welt und tritt am 1. Juli 1624 als Novize in den Landsberger Jesuitenorden ein. Zwei Jahre später kommt Balde als Lehrer der klassischen Sprachen und der Rhetorik nach München und danach an das Gymnasium in Innsbruck. Seit 1630 studiert er in Ingolstadt Theologie und empfängt 1633 die Priesterweihe.

1637-1650 wirkt Balde in München als Professor für Rhetorik, Prinzenerzieher, Hofprediger, aber auch als Hofhistoriograph des bayrischen Kurfürsten Maximilian I. Zeitgeschichtliche Arbeiten bleiben ungedruckt bzw. unvollendet, weil Balde die geforderte Vertretung dynastischer Interessen mit seinem Wahrheitsverständnis nicht vereinbaren kann. 1638 gründet er die Congregatio Macilentorum oder „Dürre Gesellschaft“, deren Ziel die Erlangung der Magerkeit ist. Seine Predigttätigkeit führt ihn schließlich nach Landshut und Amberg. Seit 1654 ist er pfalzgräflicher Hofprediger am Hofe Philipp Wilhelms in Neuburg an der Donau, wo er bis zu seinem Tode lebt.

In die Geschichte der Literatur geht Jakob Balde als Dramatiker (Jephtias, 1654), vor allem aber als neulateinischer Lyriker („deutscher Horaz“) ein. In seinen neulateinischen Oden vertritt er die hymnische Lyrik katholischer Prägung und erweist sich als repräsentativer Vertreter des europäischen Manierismus. Durch die kongeniale Erneuerung seiner Lyrik durch Johann Gottfried Herder (Terpsichore, 1795/96, 3 Bde.) ist sein Ansehen als neulateinischer katholischer Lyriker für immer gesichert worden.

Seine Grabstätte befindet sich in der ehemaligen Hofkirche St. Maria in Neuburg.

Es ist das Verdienst des Ingolstädter Germanisten Sebastian Enzinger das in lateinischer Sprache verfasste Balde-Werk De eclipsi solari (1662, dt. Die Sonnenfinsternis) wieder entdeckt und – um dem Klang der lateinischen Dichtung nahezukommen – die Übersetzung ebenfalls im Versmaß des Hexameters vorgenommen zu haben: „Qua salices in nomen eunt iactantius urbis / [...]“ / „Da, wo die Weiden genau in den Namen von einer Stadt geh'n,/ [...]“. In dieser in zwei Büchern veröffentlichten „Sammlung absurder Begebenheiten“ im Zusammenhang mit dem Naturereignis einer Sonnenfinsternis findet sich ein lokaler Hinweis auf die Stadt Weiden sowie auf die Burg Parkstein. Jakob Balde versetzt die Leser ins Jahr 1654 in ein zwischen den genannten Orten befindliches Wirtshaus, wo es zwischen Veteranen des Dreißigjährigen Krieges, einem Schlesier und einem Schweizer, zu einem Duell kommt. Der Sieger entflieht in die böhmischen Wälder.