Als Sohn eines Weinhändlers und späteren Besitzers einer Kattunfabrik wird Christian Jakob Wagenseil in Kaufbeuren geboren. Er besucht die deutsche bzw. lateinische Schule und erhält frühzeitig Musikunterricht, um schon bald eigene Kompositionen und Artikel in dem 1788 von ihm herausgegebenen Magazin von und für Schwaben zu liefern. Nach Beendigung der Schule geht er ans Gymnasium nach Ulm und studiert 1775-78 Jurisprudenz in Göttingen, wo er durch Johann Heinrich Voß vermittelt in eine Freimauerloge eintritt. Seine restliche Zeit widmet er politischen und literaturgeschichtlichen Studien sowie Schriftstellerarbeiten. Auf einer Reise nach Frankfurt 1775 lernt er Goethe kennen, er schließt aber auch Bekanntschaft mit Matthias Claudius, Klopstock, Wieland und Sophie von La Roche. 1778 ist Wagenseil in Gotha anzutreffen, wo er sich an der Redaktion von Ewalds Gelehrter Zeitung beteiligt. Danach kehrt er nach Kaufbeuren zurück und wird 1782 Gerichtsvikar, 1789 Stadtgerichtsaktuar, 1794 Kanzleidirektor. In dieser Zeit macht er sich besonders um die Erweiterung der Volksbildung, Hebung des Schulunterrichts sowie Verbesserung des Theaters verdient. Auf dem Gebiet der Gemeindeverwaltung hat er ebensolche Verdienste vorzuweisen. 1804 wird Wagenseil schließlich Stadtkommissar und Polizeidirektor in Kempten und dort 1808 zum Rate des Illerkreises ernannt. 1817 ist er Regierungsrat des Oberdonaukreises in Augsburg, seine Versetzung in den Ruhestand erfolgt jedoch bereits drei Jahre später.

Zu seinen schriftstellerischen Arbeiten gehören neben Schildheim, einem Roman, und Ehrlichkeit und Liebe, einem ländlichen Schauspiel mit Gesang (beide 1779), die Lebensbeschreibungen berühmter Personen in den Historischen Unterhaltungen für die Jugend (4 Bde., 1781-83), die vor allem bei jungen Lesern das historische Interesse wecken sollen. Geschichtliche Werke stellen auch sein Versuch einer Geschichte der Stadt Augsburg (5 Bde., 1819-22) sowie seine Schriften über den Humanisten Ulrich von Hutten dar, mit dem sich Wagenseil fast 50 Jahre lang beschäftigt: 1783 gibt er den ersten Band der Sämmtlichen Werke Huttens heraus, 1800 publiziert er im Pantheon der Deutschen eine Skizze über Huttens Leben, aus der dann 1823 seine Biografie Ulrich von Hutten hervorgeht. Mit der Herausgabe des Gemeinnützigen Wochenblattes für Bürger (1781-86) nimmt Wagenseil zum ersten Mal seine Aufgabe als Volksschriftsteller wahr und setzt diese mit der Edition des Litterarischen Almanachs (6 Bde., 1827-32), einem Kompendium von literaturhistorischen und bibliografischen Kuriositäten, sowie des Unterhaltungsbuchs für Freunde der Geschichte und Litteratur (2 Bde., 1837/38) fort. Eine Aufzählung seiner Werke gibt Wagenseil selbst im sechsten Band des Litterarischen Almanachs. Im fünften Jahrgang desselben findet sich sein berühmtes „Lied eines Landmannes“ mit der eigens von ihm komponierten Melodie. Wagenseils Gedichte sind den Dichtern des Hainbundes, die er persönlich in Göttingen kennenlernt, geschuldet, und nehmen u.a. den aufklärerischen Topos vom einfachen, aber umso reicheren Landleben auf (vgl. auch den Anfang „Arm und klein ist meine Hütte…“ im „Lied eines Landmannes“).