Jakob Bidermann besucht das Jesuitengymnasium in Augsburg, „das durch Jakob Pontanus (Spanmüller) und Matthäus Rader seine poetische Begabung und theatralische Neigung weckte und entwickelte.“ (Willi Flemming) 1596 wird er in den Orden aufgenommen, er studiert in Ingolstadt Philosophie und wird 1600 Theaterregisseur des dortigen Kollegs. Unter dem Rektorat seines Freundes und Lehrers Matthias Rader unterrichtet Jakob Bidermann am Augsburger Jesuitengymnasium, wo 1602 sein literaturgeschichtlich bedeutsames, in Latein geschriebenes Theaterstück Cenodoxus (dt. Fassung 1635 von Joachim Meichel) uraufgeführt wird. Darüber hinaus sind hier sein lateinisches Epos über den Bethlehemitischen Kindermord, eine Lebensbeschreibung seines Ordensstifters Ignatius und der satirisch-didaktische Roman Utopia (beide 1604) überliefert. Bidermann gilt als einer der wichtigsten Repräsentanten des barocken Jesuitendramas.

Angeregt durch die Legende des hl. Bruno von Köln führt sein Hauptwerk, der Cenodoxus, die Geschichte des Lebens und Sterbens eines gelehrten, aber lasterhaften „ruhmsüchtigen“ (cenodoxia) Pariser Doktors vor. Vergeblich versuchen sein Schutzengel Conscienta und sein Gewissen Cenodoxophylax ihn zu ändern – er wird vor Gott gerichtet und verfällt am Ende der ewigen Verdammnis. Das Stück besticht vor allem durch seine dramatische Psychologie sowie sprachliche Gestaltung und richtet sich thematisch gegen den stoisch geprägten Humanismus bzw. die geistige Hybris. Das barocke Grunderlebnis menschlicher Vanitas durch den dargestellten Zusammenbruch menschlicher Selbstherrlichkeit wird einzig durch die Kontrastfigur des Bruno, eines Freundes von Cenodoxus, der als Zeuge des Urteils in die Einsamkeit geht, mit sechs Kommilitonen den Kartäuserorden gründet und alle Eitelkeit der Welt ablegt, positiv gebrochen.

In den Jahren 1603-06 studiert Bidermann in Ingolstadt Theologie und wirkt ab 1604 zehn Jahre lang als Lehrer am Jesuitenkolleg in München. In dieser Zeit schreibt er die meisten seiner insgesamt neun Dramen. In Dillingen, wohin er ab 1615 als Professor für Philosophie berufen wird, wird sein Joannes Calybita 1618 uraufgeführt – das Drama ist wie die Figur Bruno im Kleinen das positive Gegenstück im Großen zu Belisar (1607) oder Cenodoxus. Außerdem erscheinen an diesem Ort Bidermanns Epigramme, darunter auch solche an Matthäus Rader und Marcus Welser, sowie seine Liedersammlung.

Bidermann selbst wirkt ab 1626 als Ordenstheologe und Bücherzensor in Rom, wo er bis zu seinem Tod am 20. August 1639 verbleibt. 1666 wird mit den Ludi theatrales sacri in München eine erste Gesamtausgabe Bidermannscher Dramen veröffentlicht.