Als Spross einer Landschaftsmalerfamilie wird Christian Otto Josef Wolfgang Morgenstern in München geboren. Seine Kindheit verlebt er glücklich zwischen Stadtleben und sommerlichen Gebirgsaufenthalten, am Ammer-, Staffel- und Kochelsee, wo sein Vater Carl Ernst Morgenstern mit Vorliebe malt. Die Schulzeit verläuft unregelmäßig, mit neun Jahren verliert er seine Mutter, die an einem Lungenleiden stirbt. Der Vater zieht daraufhin nach Starnberg und schickt den Sohn in die Familie seines Patenonkels, des Kunsthändlers Arnold Otto Meyer, nach Hamburg. 1882 kommt Christian Morgenstern in ein Internat nach Landshut. Als sein Vater als Professor an die Königliche Kunstschule zu Breslau berufen wird, besucht er von 1884 bis 1889 das dortige Gymnasium Maria Magdalena und setzt nach einem halbjährigen Versuch in einer Militärvorbereitungsschule seine Gymnasialzeit in Sorau (Niederlausitz) fort. Während dieser Zeit schreibt er erste Verse und Essays für die Schülerzeitung, liest Schopenhauer und schließt u.a. Freundschaft mit dem späteren Schauspieler und impressionistischen Dichter Friedrich Kayßler.

Im Frühjahr 1892 bezieht Morgenstern als Jura- bzw. Volkswirtschaftsstudent die Breslauer Universität, wo Felix Dahn und Werner Sombart zu seinen bevorzugten Lehrern zählen. Mit Freunden gründet er die von Patriotismus getragene, hektographierte Zeitschrift Deutscher Geist, schreibt Sansara, die humoristische „Zeichnung eines originellen Kopfes“, und plant einen humoristischen Roman Menschen. In München, wo er zusammen mit Kayßler das Sommersemester 1893 verbringt, erkrankt Morgenstern zum ersten Male schwer an Tuberkulose. Aus gesundheitlichen Gründen muss er das Studium abbrechen. Trost findet er bei Friedrich Nietzsche, unter dessen Einfluss er in den Folgejahren dichten wird. Es kommt zum Bruch mit dem Vater, der die Kosten für die weitere Ausbildung nicht tragen will. Im April 1894 übersiedelt Morgenstern nach Berlin, um von nun an Kunstgeschichte und Archäologie zu studieren.

Durch Vermittlung der Gebrüder Hart schreibt er regelmäßig Kulturberichte und Literaturkritiken für die Tägliche Rundschau und die Freie Bühne sowie für andere Zeitschriften wie Der Kunstwart, Jugend oder Die Gesellschaft. Im Anschluss an den Friedrichshagener Kreis macht er schließlich Bekanntschaft mit den Literaten Wilhelm Bölsche, John Henry Mackay, O. E. Hartleben, Cäsar Flaischlen, Hanns von Gumppenberg, Paul Scheerbart u.v.a. 1895 erscheint seine erste Buchveröffentlichung In Phanta’s Schloß. Ein Cyklus humoristisch-phantastischer Dichtungen, zwei Jahre später kommt ein Zyklus von 18 satirischen Oden, Horatius travestitus, heraus.

Im Sommer 1897 beginnt Morgenstern seine Tätigkeit als Übersetzer von Werken Strindbergs, Björnstjerne Björnsons und vor allem Ibsens, mit deren dichterischen Auffassungen er sich eingehend beschäftigt. Ibsen lernt er während einer Reise nach Kristiania (Oslo) 1898 persönlich kennen, ebenso den norwegischen Komponisten Edvard Grieg. Die Jahre 1900-02 verbringt Morgenstern nach Verschlimmerung seiner Krankheit in der Schweiz, wo er neben Gedichten und Übersetzungen satirische Szenen und Parodien für die neu gegründeten Berliner Kabaretts Überbrettl (Ernst von Wolzogen) und Schall und Rauch (Max Reinhardt) verfasst. Im Kabarett Schall und Rauch werden dann auch seine eigenen berühmten Galgenlieder (1905) vorgetragen, deren Poesie bereits 1895 aus dem Ritual des Bundes der Galgenbrüder als ernstgemeintes Spiel mit Worten ohne symbolische Überhöhung entstanden ist.

Nach zwei Italienaufenthalten (1902/03) übernimmt Morgenstern die Stelle als Lektor im Theaterverlag Felix Bloch Erben und wechselt dann zum Verlag Bruno Cassirers, dessen Halbmonatsschrift Das Theater er in den Jahren 1903-05 ediert. Sein eigenes Projekt einer umfangreicheren und freieren Theaterzeitschrift scheitert, weil die Geldgeber fehlen. Auch muss Morgenstern seiner Krankheit Tribut zollen, die ihn immer wieder körperlich zurückschlägt. Zwar schreibt er Kindergedichte, plant ein „Galgenliederkinderbuch“ und stellt für den Berliner Julius Bard Verlag Gedichte Walthers von der Vogelweide zusammen, doch zeichnet sich eine stärkere Hinwendung zur Mystik (Meister Eckhart, Jakob Böhme) in seinem Leben ab, die sich 1906 in der Sammlung Melancholie dichterisch niederschlägt. 1909 wendet er sich der Anthroposophie Rudolf Steiners zu, von dem er in Berlin Vorträge hört, und wird Mitglied der Anthroposophischen Gesellschaft.

Morgenstern fährt zu Vortragsreisen Steiners in Kristiania, Kassel, Bern und München und lernt diesen selbst in Zürich kennen. Im März 1910 heiratet er Margareta Gosebruch von Liechtenstern, mit der er seit 1911 in Arosa lebt. Es folgen Sanatoriumsaufenthalte – nach Sizilien, die Schweiz und die italienische Adria auch nach Bad Reichenhall sowie München. 1914 stirbt Morgenstern in Meran an Tuberkulose.