Josef Fruth wird 1910 als siebtes und letztes Kind seiner Eltern Felix Fruth und Crescentia, geb. Gaisbauer, in Fürsteneck geboren. Der Vater hat in Murnau das Brauerhandwerk erlernt und übt es in der Schlossbrauerei Fürsteneck aus, die Mutter ist die Tochter eines gelernten Goldschmieds, Jägers und Uhrmachers in Röhrnbach. Seine Kindheit verbringt der junge Fruth in einem aufgelassenen Säumerwirtshaus an einem Seitenweg des Goldenen Steigs, eines der wichtigsten Verkehrsadern, die im Mittelalter Böhmen mit der Donau verbanden. Das Motiv des Säumers beschäftigt ihn ein Leben lang, das Säumerhaus selbst kommt in der autobiografischen Erzählung Das verlorene Haus vor. Fruth ist schon früh empfänglich für die alten Überlieferungen, die später in seinem künstlerischen Werk Eingang finden.

Er ist ein kränkliches Kind, das die Mutter im Kinderwagen durch das Dorf schiebt, weil er nicht wie andere Kinder herumtollen kann. Während die Mutter sich als Weißwäscherin und Büglerin verdingt, ist der Bub bei der Großmutter, die ihm den Sagenschatz des Böhmerwalds vor Augen führt. In der Schule fördert ein Lehrer seine Veranlagung zum Zeichnen, einige frühe Arbeiten aus dem Jahr 1922 sind heute noch erhalten.

Nach der Volksschule 1926 macht Josef Fruth eine Ausbildung zum Glasmaler an der Glasfachschule in Zwiesel bei Bruno Mauder (1877-1948), dem „großen Zauberer im Glas im Bayerischen Wald“. Fruth möchte schon bald an die Kunstakademie, doch wieder bremst ihn eine Erkrankung aus, die ihm noch Aufenthalte in der Lungenheilanstalt in Passau aufnötigen wird. Er beginnt auf dem Krankenlager mit Fernunterricht und liest, was ihm in die Hände kommt, darunter die Werke Watzliks, Lagerlöfs, Stifters, Carossas, die Böhmerwald-Märchen von Gustav Jungbauer oder Alexander Erhards Geschichte der Stadt Passau. Eigene Texte Fruths entstehen um das Jahr 1928. Das erste gedruckte Gedicht erscheint 1932 in der Gewerkschaftszeitung Einigkeit.

1932 lernt Josef Fruth die beiden Schriftsteller Max Peinkofer und Franz Schrönghamer-Heimdal (1881-1962) kennen. Letzterer ist ab 1933 Chefredakteur des Altöttinger Liebfrauenboten und kann Fruth Publikationsmöglichkeiten anbieten; Peinkofer wiederum wird ihm ein lebenslanger Freund und Förderer. Die Jahre 1938 und 1939 sind ein weiterer wichtiger Einschnitt in Fruths Leben, zumal er jetzt auch Kontakt zur Münchner Künstlerszene bekommt, die sein Werk fördern will, darunter die Maler Karl Alexander Flügel (1890-1967), Edmund Steppes (1873-1968) und dessen Tochter Erica (1904-1993). Von 1938 bis 1942 ist Fruth Atelierschüler bei Flügel in Ulrichsberg bzw. München. 1940 kommt Fruth dem Rat seines Lehrers nach, bei der als Organ der Kontrolle und Gleichschaltung durch das NS-Regime fungierenden „Reichskammer der bildenden Künste“ um Aufnahme zu bitten. Nur ein einziges Mal, 1944, kann Josef Fruth im Münchner Haus der Kunst ausstellen. Von 1937 bis 1945 ist Fruth zudem Mitglied der NSDAP und der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt (NSV), wo er aushilfsweise als Blockwart Beiträge für die Partei kassiert bzw. als Ortskassenwalter verwaltungsmäßige Arbeiten ohne Propagandatätigkeit leistet. Fruth selbst äußert sich über seine Mitgliedschaft wie folgt: „Meine gesundheitliche Lage war eine Zeit lang belastet von Euthanasiegedanken im politischen Rahmen der Zeitläufte“ (Rammer 2018, S. 58).

Ab 1942 nennt er sich freischaffender Künstler. Er schlägt sich u.a. mit beschrifteten Kranzschleifen und Fahnenentwürfen für Vereine durch. Als nur „Halbgesunder“ wird Fruth im Herbst 1944 im Lazarett des Wehrmachtsfeldlagers in Pilsen eingesetzt; als Kanonier gehört er darüber hinaus der 2. Batterie des Panzer-Artillerieregiments 103 an. Während dieser Zeit entstehen weitere zeichnerische und dichterische Arbeiten. 1945 gerät er vorübergehend in amerikanische Kriegsgefangenschaft.

Nach dem Krieg heiratet Josef Fruth 1949 die Malerin Margarethe Voss, die zusammen mit ihrer Tochter in einem Gästehaus in Waldkirchen lebt. Die Ehe ist nicht leicht, zumal Voss schizophren ist, häufig in die Psychiatrie nach München muss oder ins Ausland reist, um dem Dorfleben zu entkommen. Ein wichtiger Ratgeber und Anreger in dieser Zeit wird Fruth der spätere Wolfsteiner Kreisheimatpfleger Alfred Fuchs (1923-2002). Fuchs kann ihm immer wieder Aufträge vor allem für religiöse Kunst verschaffen. Nach über elf Jahren wird Fruths Ehe 1961 geschieden, er heiratet daraufhin die 20 Jahre jüngere Buchhalterin beim Passauer Bistumsblatt Anna Fischer, mit der er seit 1963 einen Sohn hat.

Anfang der 1960er-Jahre beginnt Josef Fruth Bilder für und in Schulen in den Altlandkreisen Passau und Wolfstein zu malen. Die Menschen, die er zeichnet, sind oft vom Alter oder von lebenslanger Arbeit gebeugt, fügen sich den Rhythmen der Landschaft ein und sind Teil der Gemeinschaft, der sie sich wohlwollend zuwenden. 1966 zählt der Künstler zu den Gründungsmitgliedern des Bayerwaldkreises. Fruth, der nach dem Krieg im „Meierhof“, einem zur Landwirtschaft des Schlosses Fürsteneck gehörenden Gebäude, wohnt, kann 1967 schließlich mit seiner Familie in die ausgebaute Vorburg des Schlosses („Alte Wache“) ziehen. Seinen Heimat- und Wohnort Fürsteneck verlässt er nur selten.

Neben Künstlerfreunden wie Heinz Waltjen (1894-1986) und Max Peinkofer werden Josef Fruth vor allem der Passauer Zeitungsverleger Hans Kapfinger (1902-1985), der Natur- und Umweltschützer Hubert Weinzierl (geb. 1935) sowie der Lehrer und Heimatforscher Reinhard Haller (geb. 1937) zu wichtigen Weggefährten: Für die Ausgaben der Passauer Neuen Presse steuert Fruth so über 15 Jahre lang die Titelillustrationen an den hohen kirchlichen Feiertagen bei. Als einer der ersten Künstler Deutschlands greift er zudem die Umweltfrage auf, wie das Waldsterben und die Unterschutzstellung des Ilztales, und illustriert zwölf Bücher Weinzierls. Und nach Haller ist Josef Fruth der „Illuminator“ des Bayerischen Waldes schlechthin, der das in Sagen wie Märchen Unbeschriebene und Unbeschreibliche eigenschöpferisch herausholt – für das gemeinsame Buch Natur- und Landschaftssagen (1986) erhalten Autor und Illustrator das in Brüssel verliehene Prädikat „Das beste Sagenbuch 1984“.

„Dreschersuppe“ und „Maskenbann“ begleiten Fruth die zweite Lebenshälfte, dem Thema Brauchtum seiner Heimatregion widmet er sich Bild um Bild. Seine künstlerische Motivation beschreibt er in der dritten Auflage seines Buches Über dem Urgrund der Wälder (1980):

Es geht mir um eine Sinndeutung zwischen Sage und Brauch im Siedlungsbereich der Wälder. Die Märchen- und Sagenbilder meiner Jugend, von den verschneiten Spinnstuben zwischen den Wäldern überkommen, hatten eine andere Prägung als die Deutschen Märchen der Gebrüder Grimm, womit uns später die Schule vertraut machte. Heute möchte ich in manchen wäldlerischen Sagengestalten einer kultischen Aussage nachspüren, die über eine Ausstrahlung verschiedener Frühkulturen in der Volksseele Reflexe bilden. Im Abseits sind sie uns erhalten geblieben. (zit. n. Rammer 2018, S. 122)

Josef Fruths bildnerisches Werk wird in vielen nationalen wie internationalen Ausstellungen gezeigt, er selbst mit Ehrungen versehen. 1964 veröffentlicht die Pariser Kunstzeitschrift La Revue Moderne auf dem Titel ein Maskenbild Fruths. 1969 beteiligt er sich an einer internationalen Ausstellung in Monaco. 1970 wird ihm der Kulturpreis des Bayerischen Wald-Vereins, 1971 der Kulturpreis Ostbayern, 1979 das Verdienstkreuz am Bande des Verdienstordens der BRD verliehen. 1980 zeichnet auch der Bund Naturschutz in Bayern das künstlerische Gesamtwerk Fruths aus. In Italien wird er u.a. mit den Preisen „Goldener Zentaur“ (1982) und „Targa d‘Oro“ (1986) ausgezeichnet. Der Kulturkreis Freyung-Grafenau e.V. ehrt ihn 1987 mit seinem Kulturpreis, die Stadt Deggendorf 1990 mit dem Poetenteller anlässlich des 11. Bairischen Mundarttages und die Stadt Passau 1991 mit dem Böhmerwald-Kulturpreis.

Am 21. Juli 1994 stirbt der Maler, Graphiker, Schriftsteller und Illustrator an seinem niederbayerischen Heimatort Fürsteneck. 

2006 gründet sich der Atelierkreis Josef Fruth, der sich nicht nur den Erhalt von Fruths Atelier, sondern auch das Gedenken an den Künstler zur Aufgabe macht. Eine vom Atelierkreis herausgegebene Werkreihe in sieben Bänden samt Biografie erscheint 2009-2018. Zum 100. Geburtstag von Josef Fruth wird der „Künstlersteig Josef Fruth“ ins Leben gerufen, 11 Ruheorte mit Bildern und Gedichten von Fruth.